えぼりゅーしょん3

この話の続き。

まだ python のプログラムはいじっていなくて、データ処理の話。

家系図は書いてみたので、次は genes のクラスタ分析をしたらどうなるか？…ということで、Rを使ってひとしきりやってみた結果。

1000updateかけた後、生存animal数 152、死亡animal数 466、残plant数 53、生存animalの平均年齢(update) 197.4、生存animalの平均保持 energy 88.5…という状態がお題。

生存animalを対象にすると、genes は8要素のベクターなので、これが152個あることになる。練習としては、まあたいしたことはないデータ量だ。

まず、階層型クラスタリングの R の hclust を使って書いてみたのがこれ。

ふーん、と思いつつ、このへんを参考にk-meansでクラスタ数2～15で変化させながら、あたりをみてみたのがこれ。

クラスタ数5くらいでいいのかしら？と思いながら分類させてみたのがこれ。

実は、Rをそれっぽく使ってみたのは初めてだったのだが、データ入出力はいまいち使い勝手が悪い(or 整理されていない)な…というのが感想だったりする。

まあ、そもそも論として、この環境で種の分化ってどう定義するの？なんて話もあるわけだし、先は長い...